Svært mange ME-pasienter opplever søvnproblemer av forskjellig art, bl.a. problemer med å sovne, de våkner ofte om natten, og er like trette når de våkner.  Søvnen er ofte «overfladisk» og man mangler perioder med dyp søvn. Sovemedisiner gir ikke denne typen dyp søvn, og langvarig bruk av sovemedisiner medfører risiko for avhengighet.

Et alternativ til sovemedisiner er hormonet melatonin. Dette er identisk med kroppens eget søvnhormon, og kan bedre søvnkvaliteten. Melatonin er ikke avhengighetsskapende eller vanedannende. men det er ikke alle som har virkning av det. Ofte benyttes Melatonin sammen med Vallergan (et antihistamin-preparat som ikke er vanedannende) i små doser.